BajaEbooks era un catálogo web con cerca de 31.400 libros en español para su libre descarga en formato ePub y PDF. En la página principal se encontraba un directorio que permitía buscar los libros por orden alfabético, o bien filtrar por Autores, Géneros o Series. También había una caja de búsqueda para títulos específicos de libros. Más abajo, se encontraba una selección de los Últimos libros agregados, otra de Lo más leído en la semana, otra con Lo más leído en el mes y, finalmente, una con Lo más leído en todos los tiempos. En todos los casos, los libros se mostraban con las imágenes de sus respectivas portadas. Adicionalmente, se encontraban los botones sociales de Facebook, Twitter y Google+.
En BajaEbooks se podían encontrar títulos tales como Una columna de fuego, de Ken Follett; Más allá del invierno, de Isabel Allende; La chica del tren, de Paula Hawkins; El día que el cielo se caiga, de Megan Maxwell; Los ritos del agua, de Eva G.° Sáenz de Urturi y Origen, de Dan Brown. Por su parte, los géneros incluían Novela, Ensayo, Aventuras, Humor, Histórico, Arte, etc., siendo posible que los libros pertenecieran a más de un género.
Al dar clic en cualquiera de los títulos disponibles, se accedía a la página de información del libro, la cual contenía: autor, título, géneros, imagen de portada, sinopsis y enlace de descarga. El enlace de descarga redirigía a una página web de terceros donde se descargaba finalmente el archivo, ya fuera en formato EPUB o PDF. En esta página de información también se podía compartir el libro por Twitter, dar Me gusta para Facebook, comentar (para lo cual era necesario crear una cuenta de usuario), leer los comentarios de otros usuarios y reportar los enlaces de descarga rotos.
En BajaEbooks había un blog de noticias en donde se publicaban entradas que buscaban resaltar las ventajas del ebook sobre el libro convencional. En esta sección también había minitutoriales que mostraban cómo convertir archivos de formato ePub a formato PDF o a formato mobi para Kindle usando algunas herramientas online de uso libre.
Por último, en el sitio web se podía encontrar un anuncio de responsabilidad que indicaba los lineamientos generales del DMCA (Digital Millennium Copyright Act) a los cuales BajaEbooks estaba sujeto. Allí se resumía las normas o pasos a seguir en caso de infracciones al derecho de autor. Más abajo, se encontraba la caja de contacto de BajaEbooks para escribir a los administradores en caso de inquietudes o problemas del sitio web relacionados con este tema.